Eesti Balletiliidu kõrgeim organ on üldkoosolek, mis kutsutakse kokku üks kord kolme aasta jooksul. Järgmine üldkoosolek toimub 2020. aasta kevadel. Vähemalt üks kord aastas koguneb liidu volikogu ning igapäevaselt koordineerib liidu tööd 5-liikmeline juhatus.
